Όσο ιδιαίτερο και ξεχωριστό είναι το ίδιο το νησί της Σαμοθράκης, άλλο τόσο ιδιαίτερα είναι και τα χωριά του, που δεν θυμίζουν πολύ τα παραδοσιακά νησιωτικά χωριά της Ελλάδας.
Στο σύνολό τους είναι περίπου 20, τα μισά από τα οποία όμως έχουν μόνιμο πληθυσμό μικρότερο των δέκα κατοίκων και σαφώς πιο πυκνοκατοικημένη είναι η δυτική πλευρά του νησιού.
Πρωτεύουσα είναι η Χώρα, που βρίσκεται χτισμένη στην ενδοχώρα, στις πλαγιές του όρους Σάος, ενώ λιμάνι της Σαμοθράκης, είναι η Καμαριώτισσα, στη βορειοδυτική άκρη του νησιού.
Εκεί συναντώνται οι δύο κεντρικοί οδικοί άξονες του νησιού, αυτός που οδηγεί βόρεια στα δημοφιλή Θέρμα και τα αξιοθέατά τους, αλλά και αυτός που οδηγεί στη Χώρα, την πρωτεύουσα του νησιού και το νότιο τμήμα της Σαμοθράκης.
Χώρα
Πρωτεύουσα της Σαμοθράκης είναι η ομώνυμη κωμόπολη στην ενδοχώρα του νησιού, που είναι όμως περισσότερο γνωστή με την ονομασία Χώρα. Είναι χτισμένη στις πλαγιές του όρους Σάος, στα βορειοδυτικά και απέχει έξι χιλιόμετρα από τις ακτές.
Παρά την κοντινή απόσταση, ο γραφικός οικισμός είναι χτισμένος έτσι που είναι αθέατος από τη θάλασσα, προφανώς από τον φόβο των πειρατών, που ήταν η κύρια απειλή για τους κατοίκους της για πολλούς αιώνες.
Στην άκρη του οικισμού δεσπόζει το μεσαιωνικό κάστρο των Γκατελούζι, των Ενετών κυρίαρχων του νησιού τον 14ο αιώνα, που άφησαν οχυρωματικά έργα γνωστά και ως «Πύργοι των Γκατελούζι» σε διάφορα σημεία του νησιού.
Τα σπίτια της Χώρας είναι παραδοσιακά χτισμένα, πετρόχτιστα, διώροφα με κεραμειδωτές σκεπές και πλακόστρωτα δρομάκια ανάμεσα. Πλατάνια κοσμούν την κεντρική πλατεία του οικισμού, ενώ η σπουδαιότερη εκκλησία είναι η Κοίμηση της Θεοτόκου, ένα επιβλητικό κτίσμα του 19ου αιώνα, όπου φυλάσσονται οι Κάρες των Πέντε Νεομαρτύρων της Σαμοθράκης.
Το Λαογραφικό Μουσείο Σαμοθράκης δημιουργήθηκε με εθελοντική προσφορά των κατοίκων, στεγάζεται σε ένα παλιό αρχοντικό και περιέχει πλήθος κειμηλίων της παραδοσιακής ζωής στο νησί, όπως και αναπαράσταση παλιού σαμοθρακιώτικου σπιτιού.
Καμαριώτισσα
Πρόκειται για ένα μικρό, γραφικό ψαροχώρι, που αν και υποδέχεται όλο τον όγκο των επισκεπτών του νησιού και έχει εξελιχθεί σε ένα από τα τουριστικά κέντρα, καθώς είναι το λιμάνι της Σαμοθράκης, διατηρεί τον παραδοσιακό χαρακτήρα των σπιτιών και των κτηρίων του.
Στην Καμαριώτισσα συναντώνται και οι δύο κεντρικοί οδικοί άξονες του νησιού, αυτός που οδηγεί βόρεια στα δημοφιλή Θέρμα και τα αξιοθέατά τους, αλλά και αυτός που οδηγεί στη Χώρα, την πρωτεύουσα του νησιού και το νότιο τμήμα της Σαμοθράκης.
Στα νοτιοδυτικά όρια της Καμαριώτισσας βρίσκεται η Λιμνοθάλασσα του Αγίου Ανδρέα, ένας από τους σημαντικότερους υγροβιότοπους της Σαμοθράκης, ενώ στην άκρη του Ακρωτηρίου βρίσκεται το αιολικό πάρκο του νησιού, με τέσσερις ανεμογεννήτριες.
Η Καμαριώτισσα τέλος, οφείλει το όνομά της στην εκκλησία του χωριού, όπου φιλοξενείται η εικόνα της Παναγίας από τις Καμάρες.
Προφήτης Ηλίας
Ο Προφήτης Ηλίας είναι το πιο ορεινό χωριό της Σαμοθράκης, αν και δεν είναι χτισμένο το όρος Σάος, που κυριαρχεί στο μεγαλύτερο τμήμα του νησιού, αλλά στην πλαγιά του λόφου του Προφήτη Ηλία, που σχηματίζεται στους πρόποδες. Βρίσκεται 5 χιλιόμετρα βόρεια του χωριού Λάκκωμα και 13 χιλιόμετρα νοτιοανατολικά από την Καμαριώτισσα.
Το χωριό είναι ονομαστό για το ντόπιο κατσικάκι που μαγειρεύεται εκεί με παραδοσιακό τρόπο και προσελκύει πλήθος επισκεπτών στα γραφικά ταβερνάκια του. Ο δρόμος που οδηγεί στον Προφήτη Ηλία ξεκινά από την Καμαριώτισσα και οδηγεί νότια. Περνάει μέσα από τους ελαιώνες της Σαμοθράκης, σε μια πανέμορφη διαδρομή και καταλήγει στο χωριό.
Από τον Προφήτη Ηλία οι επισκέπτες της Σαμοθράκης έχουν τη δυνατότητα να θαυμάσουν απέραντη θέα που φτάνει ως το Άγιο Όρος, αλλά και ένα από τα καλύτερα ηλιοβασιλέματα στο νησί, αφού το χωριό «βλέπει» δυτικά. Απέραντη θέα προσφέρει και το ξωκλήσι της Παναγίας της Κρημνιώτισσας που βρίσκεται πολύ κοντά.
Θέρμα
Τα Θέρμα, στα βορειοανατολικά της Σαμοθράκης, είναι γνωστά και με το όνομα «Λουτρά», καθώς εκεί βρίσκονται τα Ιαματικά Λουτρά της Σαμοθράκης. Το χωριό είναι χτισμένο ανάμεσα στα πλατάνια και τα τρεχούμενα νερά, στους πρόποδες του μεγάλου βουνού της Σαμοθράκης, του όρους Σάος και είναι ένα από τα τουριστικά κέντρα του νησιού.
Από εκεί ξεκινά η ανάβαση στο Φεγγάρι, την κορυφή του Σάου, η πεζοπορία Φονιάς – Κλείδωση, στις όχθες του γνωστότερου χειμάρρου του νησιού, ενώ σε πολύ κοντινή απόσταση βρίσκονται και οι πιο δημοφιλείς βάθρες της Σαμοθράκης. Στα Θέρμα βρίσκεται το δημοτικό κάμπινγκ, με δύο χώρους, έναν οργανωμένο και έναν ελεύθερης διαβίωσης και στο λιμάνι του χωριού υπάρχει μαρίνα για ιδιωτικά σκάφη.
Ταβέρνες, τουριστικά μαγαζιά, καφενείο και βέβαια ξενοδοχειακές μονάδες και ενοικιαζόμενα δωμάτια βρίσκονται στην διάθεση των επισκεπτών.
Ξηροπόταμος
Τα μικρά, παραδοσιακά σπίτια του Ξηροπόταμου είναι χτισμένα μέσα στην καταπράσινη φύση, με άφθονα τρεχούμενα νερά από το ρέμα του Ξηροπόταμου, που είναι και το μεγαλύτερο της περιοχής. Στην πορεία του από τις πηγές ψηλά στο Σάο μέχρι τη θάλασσα μάλιστα σχηματίζει και ένα από τα εντυπωσιακότερα φαράγγια της Σαμοθράκης, το Φαράγγι του Ξηροπόταμου.
Αν και σχετικά άγνωστο προσελκύει τους λάτρεις της φύσης, μιας και θεωρείται ιδανικό για canyoning. Προσελκύει και εκατοντάδες πεζοπόρους που βγαίνοντας από το χωριό, τον ακολουθούν και τον αφήνουν να τους οδηγήσει στις περίφημες βάθρες του Ξηροπόταμου, μετά από διαδρομή ενός εικοσαλέπτου.
Σε πολύ κοντινή απόσταση από τον Ξηροπόταμο προς τη θάλασσα, βρίσκεται ο οικισμός Μακρυλιές, που πήρε το όνομά του από το σχήμα των καρπών της ελιάς που παράγονται εκεί.
